A Magyar Máltai Szeretetszolgálat a kilencvenes évek első felében úttörő szerepet vállalt a szociális intézményi és jogszabályi rendszerét újraalakító Magyarország életében, miközben országos hálózata alulról jövő kezdeményezések mentén fejlődött ki. 1993 és 1995 között közel háromszáz helyi csoport alakult országszerte és a máltai segítők száma meghaladta az ötezret. 1995-ben az országos struktúra hármas tagozódásúvá vált: a korábbi budapesti központ és a helyi szervezetek között megjelent a megyei szint. 1996-ban a Szeretetszolgálat már országos intézményi hálózatot tartott fenn, és a helyi csoportok vezetői mellett megyei titkárok irányították a területi munkát. A folyamatot nagyban meghatározta, hogy 1993-ban megszületett a szociális igazgatásról és ellátásokról szóló törvény, amely először szabályozta ilyen szinten az intézményes és karitatív munkát.

Magyarország 2004. május 1-jétől az Európai Unió teljes jogú tagja lett. Az egységes és új európai szabályozás jelentősen átalakította a szervezetek korábbi működési formáit. Ennek egyik része a közigazgatás reformja volt, amely a Magyar Máltai Szeretetszolgálat struktúráját is átrajzolta, hiszen az ország ettől fogva hét tervezési-statisztikai egységre tagolódik, elsősorban az Európai Unió támogatási rendszere miatt. Ehhez alkalmazkodva alakult át a Szeretetszolgálat szervezeti térképe is: új régiók, regionális központok jöttek létre, és megváltoztak a korábbi működési határok. Az uniós tagsággal új  fejlesztéseket célzó pályázati források váltak elérhetővé, ami a magyar Máltaiak számára is új időszámítás kezdetét jelentette. A regionális struktúraváltással a szervezet országos, adminisztratív központja teljesen átalakult. Az ügyvezető alelnök a korábbi budapesti titkár, Győri-Dani Lajos lett, aki nyugati modellen alapuló menedzsmentet alakított ki a szervezet országos és nemzetközi ügyeinek koordinálására.

Az egyre gyarapodó pályázati lehetőségek minél jobb kihasználása érdekében 2010-ben pályázatíró stáb jött létre a Szeretetszolgálat központjában, majd 2011-től a főbb strukturális egységeket külön-külön megjelenítő munkacsoportok születtek. Az elnökség mellett a mindennapos ügyvezetést támogató, végző vezetői kör alakult ki. A jelentősen kibővült országos központ számára immár szűkösnek bizonyult a zugligeti templom szomszédságában lévő addigi épület, így több egység a Bem rakpart 28. szám alá, a Szent Erzsébetről Nevezett Betegápoló Nővérek egykori rendházába költözött.